De brouwerij is begonnen als stichting Breugems Brouwerij, en werd opgericht in 2007 door Patrick Breugem en Court-Jan van Beek. Hun voornemen was om een "sociale brouwerij" te openen, waarbij mensen met een beperking aan werk werden geholpen. In 2010 werd de brouwinstallatie geplaatst en kon het brouwen beginnen. In 2013 ging de brouwerij failliet. Na een doorstart in datzelfde jaar ging de brouwerij verder als brouwerijhuurder onder de naam Brouwerij Breugem. Brouwerij Breugem brouwt zijn bieren bij Brouwerij Hoop aan de Lagedijk in Zaandijk.

In April/May 2021 Brouwerij Breugem ended its relationship with Brouwerij Hoop and moved to a new location back in Zaandam. A re-branding was implemented in October 2021, and a number of beers were given new names. Breugem Brewery will also continue as Breugem Bier. For the past few years, Breugem has been a client brewer at Brouwerij Jopen in Haarlem.

In 2023, Brouwerij De Prael Amsterdam Houthavens was taken over, making the dream of having its own brewery and tasting room come true. Part of the production continues to be brewed at Jopen Bier.