1328 wurde die Brauerei erstmals namentlich genannt. In 1803 mussten im Rahmen der Säkularisation die Mönche das Kloster verlassen und es wurde aufgelöst. Nur die Klosterbrauerei wurde anfänglich unter staatlicher und später unter privater Führung weitergeführt.

1829 erwarben Anton und Therese Wagner, eine Brauerfamilie aus Attaching bei Freising, die Sudstätte. Seitdem ist die Brauerei eine bürgerliche Privatbrauerei in Familienbesitz. Therese Wagner erwarb in 1857 einen Lagerkeller an der Landsberger Straße. Auf dieses Gelände wurden später die gesamten Produktionsanlagen verlegt. Edith Haberland-Wagner, die letzte Verwandte mit dem Nachnamen Wagner und Haupteigentümerin der Brauerei, vermacht in 1996 ihre Anteile der von ihr gegründeten Edith-Haberland-Wagner-Stiftung. Nun hält die Stiftung etwas über 50 Prozent der Augustiner Brauerei.